This week’s recap highlights nanoMDBG for metagenome assembly from nanopore reads, the SCassist AI-based workflow for single-cell analysis, discovery and characterization of GxE and GxG effects in a vertebrate model, the PIGEON framework for estimating gene-environment interaction for polygenic traits, and long-read alignment with multi-level parallelism.

When we first started writing this novel, we called it On the Wings of a Pig — a placeholder name that captured the strange blend of wonder and tragedy we were building: a genetically engineered future shaped by hope, desperation, and ambition. It was a working title, a way to signal that the story was wild and unexpected.

This year ISMB2025 and BOSC was in Liverpool, and we embraced the location with our biggest birthday ever (alongside some Beatles themed adventures). Read more in the conference write-up.

After much reflection, the time has come for me to retire, effective at the end of this year. This marks the end of a deeply fulfilling chapter in my life — one filled with purpose, collaboration, and a shared commitment to open knowledge and community-driven progress in open source, open access publishing. I’ve been fortunate to work with so many brilliant people over the years, and I’m extremely proud of what we’ve achieved together.

Wie wird aus einem geförderten Pilotprojekt eine dauerhaft tragfähige Infrastruktur? Diese zentrale Frage stellten sich viele der Teilnehmenden des Hands-on-Labs „Vom Drittmittelprojekt über die Community zur etablierten Struktur – Erfahrungsaustausch und Erarbeitung von Empfehlungen“ (Arning et al. 2025) auf dem 9. Bibliothekskongress / der 113. Bibliocon in Bremen am 26.06.2025.

DinoCon is right around the corner, the weekend of August 16-17. The speaker lineup looks fantastic, and the vendor lineup looks like it will execute a Chicxulub on my wallet. On the speaker side, I’m happy to see sauropods getting so much representation.

I’ve written several times here about the Make Data Count project and its major output to date, the Data Citation Corpus, currently at version 4 (see The fourth release of the Data Citation Corpus incorporates data citations from Europe PMC and additions to affiliation metadata). In June Make Data Count launched a Kaggle Competition with the goal of developing a tool that will process articles (in either PDF or XML format), extract data

BIOinformación para investigación y práctica digital en BIOtecnología Recientemente hemos recibido un buen número de estudiantes de biotecnología  interesados en realizar su servicio social, su práctica profesional o su tesis en el laboratorio de BIOinformación. La biotecnología investiga e innova en las aplicaciones técnicas de la biología (Ng &

A Deep Dive into Autonomous Intelligence

Eine von Ammianus Marcellinus überlieferte Anekdote berichtet, dass der römische Stadtpräfekt Leontius einen aufgebrachten Mob, der angeblich aufgrund von Weinmangel auf die Straße gegangen war, allein durch die Macht des Wortes besänftigte und so die Verhaftung der Rädelsführer ohne Blutvergießen ermöglichte. ¹ Die beschriebene Szene eröffnet nicht nur Einblicke in den Klassismus und Elitarismus des römischen Geschichtsschreibers

Es gibt einen neuen Meilenstein der Förderung der Open-Access-Transformation auf der Ebene der Bundesländer. Denn im Juli legte das Land Mecklenburg-Vorpommern eine eigene landesbezogene „Open-Access-Strategie für Wissenschaft und Forschung in Mecklenburg-Vorpommern“ vor, in der Open Access als „eine zentrale Säule der digitalen Transformation der Hochschulen und von Wissenschaft und Forschung insgesamt“ verstanden wird.